聯想四核高性能服務器助力生命科學計算

　　一、項目背景   上海交通大學生命科學技術學院是在原生物科學與技術系和生物醫學工程教研室的基礎上，由上海交通大學與中國科學院上海分院於1997年2月聯合建立的。生命學科經過在交大二十餘年的發展，在國內外已具有一定的影響，學院目前設有生物科學與技術系、生物工程系、生物醫學工程系、生態與環境工程系和BIO-X生命科學研究中心及生物醫學儀器研究所。   近年來，生命科學技術學院從學校『985工程』、『211工程』建設項目中獲得重點資助。在學校的重點建設下，生命學院在學科建設、科研、教學諸方面都取得了大的進展，相繼承擔了國家『十五』攻關、『973』、『863』 、國家自然科學基金重大項目和上海市的一批重大項目，獲得了國家自然科學獎、國家級教學成果獎、教育部科技進步獎、上海市科技進步獎等多個獎項，產生了一批國內外矚目的科研成果，並在國際權威科學雜志發表論文多篇。

上海交通大學學術研究中心二、應用需求分析   隨著生物信息學的發展以及多種生物信息軟件的出現,上海交大生命科學技術學院的專家學者開始越來越多的利用計算機來進輔助日常科研工作。上海交通大學生命科學技術學院使用的生物學軟件，主要有BLAST(在蛋白質數據庫或DNA數據庫中進行相似性比較的分析工具)、EMBOSS(歐洲分子生物學開放軟件包)、Gromacs(分子動力學模擬軟件)和DOCK(分子對接軟件，利用虛擬的方法對化學分子庫進行篩選)等等，目前主要是運行在PC機和普通工作站上，計算速度慢，運行效能低，已經不能滿足科研工作的需要。   因此，生命科學技術學院計劃采購一套完整的高性能服務器，以及完整的硬件、軟件系統解決方案，並要求高性能服務器具有很高的可靠性和性能價格比。在經過與多個廠商接觸後，通過公開招標的方式，客戶最終選擇了聯想深騰1800機群服務器。   聯想服務器為生命科學技術學院客戶提供了完整的生命科學領域的軟件測試報告，量身設計了完整的系統解決方案，詳細介紹了聯想在生命科學領域的成功案例，組織參觀了聯想深騰高性能服務器在上海地區的成功應用，最終贏得了客戶的信賴和支持。方案設計   根據上海交通大學生命科學技術學院的需求情況，聯想提出了包括硬件、軟件和技術服務在內的整體系統解決方案。本方案所定制的深騰1800機群中，聯想萬全服務器支持全新四核英特爾®至強®處理器5300系列，相比前一代英特爾至強處理器，同等能耗下將性能提昇最高可達50% 。在1U高度機架空間內安裝Quad Core(4核)×Dual Processor(2CPU)共計8個CPU內核，為用戶提供了極高密度的科學計算能力。

聯想深騰1800機群解決方案方案特點：  高性能：高性能的計算結點是提昇機群計算能力的重要因素，聯想萬全R510 G6支持配置兩顆Intel Xeon Clovertown處理器，每顆CPU集成2*4MB二級緩存；支持Fully Buffer DIMM 533/667內存，容量更大，主頻更高；    高可靠性：管理結點R520 G6，存儲結點R350 G6，全部配置RAID冗餘磁盤，保證用戶數據安全可靠；聯想的機櫃系統、機架式服務器結點，均經過散熱優化設計，既能保證系統的穩定運行，又可有效節約系統耗電量； 標准、開放的機群架構：本系統設計方案，遵循業界通用的並行計算機群設計標准，可以與其它任何廠商的標准部件互聯互通；   易管理：機群系統軟件是機群服務器的關鍵部件，采用聯想自主研發的機群管理系統LCMS，可以像管理一臺服務器一樣管理機群的資源；機群資源管理系統LJRS可以對計算結點動態劃分邏輯池，結點池劃分通過軟件設置實現，方便管理使用機群的計算資源。產品配置總計    12個計算結點+1個胖結點+管理結點+存儲結點，共計116個CPU內核，附帶完備的基礎架構。用戶收益   聯想此次除了提供給客戶機群服務器硬件、軟件和質保服務外，還應用戶的要求提供該研究領域典型應用軟件的測試、移植和安裝配置支持服務。   聯想深騰1800機群服務器在上海交大的應用，可以平滑移植用戶在生命科學領域的應用軟件，大大縮短該院生命科學模擬計算的運算時間，極大提昇客戶的科研工作效率，並增大模擬模型的計算規模，進一步增強上海交通大學生命科學技術學院的綜合科研實力。