指紋識別是紅米3高配版的一大亮點，並讓其成為了繼小米5之後的又一款小米指紋手機。就設計來說，紅米3高配版采用中低端產品常見的後置指紋識別設計，與紅米Note 3一致，加之類似的配色方案，更是給人一種熟悉的感覺。事實上，它同樣為按壓式指紋識別。在日常使用中，輕輕觸控即可識別指紋信息。